为了加快推进全国中小企业股份转让系统建设，切实为广大中小企业提供资本市场服务，2013年2月2日，中国证监会公布《全国中小企业股份转让系统有限责任公司管理暂行办法》（以下简称《暂行办法》），自公布之日起实施。
《暂行办法》主要有四大亮点：一是确立了全国中小企业股份转让系统的法律地位，是经国务院批准设立的全国性证券交易场所；二是规定了挂牌股票转让可以采取做市方式、协议方式、竞价方式或证监会批准的其他转让方式，另外主办券商业务包括推荐股份公司股票挂牌，对挂牌公司进行持续督导，代理投资者买卖挂牌公司股票，为股票转让提供做市服务及其他全国股份转让系统公司规定的业务；三是明确了股票在全国中小企业股份转让系统挂牌的公司为非上市公众公司，且股东人数可以超过200人；四是提出了不符合持续挂牌条件的，全国中小企业股份转让系统应当及时作出股票暂停或终止挂牌的决定。
首先，全国性证券交易场所法律地位的明确意味着全国中小企业股份转让系统将完全脱离深证证券交易所，新三板投资者不再使用深交所账户，而需重新开设股票账户，从此，北京、上海、深圳形成了全国证券交易场所“三足鼎立”局面。其次，证监会此次引入了做市商制度(Market Maker Rule)，做市商制度也称为报价驱动制度，是指在场外交易市场上，由具备一定实力和信誉的证券经营法人最为特许交易商，不断地向公众投资者报出某些特定证券的买卖价格，并在该价位上接受公众投资者的买卖要求，以其自有资金和证券与投资者进行证券交易的一种机制。做市商一方面可以引导投资人对挂牌公司估值定价，另一方面还负有提供股票流动性的义务，做市商与客户交易时不收取佣金，而是通过双向报价买卖过程中的价差收入来弥补提供做市商服务时产生的成本支出，从而形成一定的利润来源。第三，允许非上市公众公司股东人数超过200人的规定将吸纳更多资本注入“新三板”。最后，对于不符合挂牌条件的挂牌企业，全国中小企业股份转让系统可以暂停或终止其挂牌股票，此决定有利于建立起良好的优胜劣汰机制，通过吸纳优质公司进入的同时不断淘汰劣质公司，为我国全国统一的场外交易市场注入新的生机和活力，保证挂牌企业整体素质，促进我国场外市场健康发展。
2013年是“新三板”划时代的一年，全国中小企业股份转让系统的挂牌是我国构建全国统一的场外市场的重要里程碑，而《暂行办法》中做市商制度的引入更是市场参与者翘首以盼的交易制度的重大突破。混合的交易方式、稳定的交易价格、活跃的市场交易、新增的利润来源不仅激发了券商的参与热情，更增强了对高科技企业、投资人的吸引力，交投活跃的场外市场才能起到对主板排队在审企业分流的作用，也才能成为VC/PE机构另一个有价值的退出途径。但是，清科研究中心同时认为，作为退市制度有益补充的转板制度也应适时被纳入其中，因为转板制度能够打通场外市场与主板市场间的通道，使盈利能力好、业绩表现优的挂牌企业通过“绿色通道”转板到高一层次的资本市场，有利于其以较低成本进入主板市场获得更大的发展机遇；另外，《暂行办法》相应细则也应尽快出台，以供具体实施时加以参考与规范。
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