2009年，马云加入TNC中国理事会，并于2010年4月16日加入大自然保护协会(TNC)全球董事会，成为该董事会中的第一位中国人。
卸任阿里集团CEO后，马云会将更多的时间投入环境、生态保护以及教育。马云表示，“可持续发展是全球面临的一个严峻挑战，为了减缓自然世界面临的种种威胁，我们要采取一系列的行动，我们共同的努力将实现保护地球的目标。”他说，企业家负责效率，科学家提供正确的方法，社会科学家能更加巧妙地将信息传达给更多人知道。
大自然保护协会是最主要的自然保护国际组织之一，成立于1951年，总部设在美国弗吉尼亚州的阿灵顿市，经过近60年的不懈努力，协会已跻身美国十大慈善机构行列，位居全球生态环境保护非营利民间组织前茅。大自然保护协会的宗旨是保护重要的陆地和水域，使具有全球生物多样性代表意义的动物、植物和自然群落得以永续生存繁衍。本次马云将接替著名经济学家胡祖六出任TNC中国主席。
过去几年，马云无论在阿里集团内部开会还是对外公众演讲，甚至内部邮件，都越来越多的提到环境问题。他越来越多的呼吁人们关注环境问题，关注空气、水、食物的安全问题。马云认为环境问题已经到是一场危机的地步。他曾经表示“阿里巴巴淘宝从来没有让我睡不着觉，让我睡不着觉的是我们的水不能喝了，我们的食品不能吃了，我们的孩子不能喝牛奶了，这时候我真睡不着觉了。”
对于环保，阿里巴巴集团一直致力于建设“诚信、透明、责任和全球化”的新商业文明，并积极采取了行动，主动投身环境保护、应对气候变化，并充分发动阿里巴巴集团2万1余名员工和千万网商参与节能减排和开展低碳生活。阿里巴巴集团已兑现将每年营收的千分之三投入阿里巴巴基金的承诺，该基金在多个省份资助了旨在恢复清洁水质的系列非营利项目“清源行动”。
